Imediatamente após a canonização, que ocorreu em 16 de julho de 1228, o Papa Gregório IX quis que em honra a São Francisco, o “Poverello de Assis”, fosse elevado um magnífico templo e ali seus restos mortais fossem preservados. O mesmo Pontífice abençoou a pedra fundamental em 17 de Julho de 1228 e, na festa de Pentecostes, 25 de maio de 1230, ordenou que o corpo do santo foi transportado da igreja de São Jorge para a nova basílica, a igreja-mãe da Ordem dos Ordem dos Frades Menores. Inocêncio IV a consagrou solenemente em 1253, elevando à basílica patriarcal e capela papal por Bento XIV em 1764.

São Francisco queria morrer perto da Porciúncula, onde havia iniciado a vida religiosa. Mas aquele que havia escolhido a pobreza como um caminho para amar e deixava-a como herança a seus filhos.

A construção da basílica superior começou logo após 1239 e foi finalizada em 1253. Sua arquitetura é uma síntese do Românico e do Gótico Italiano. As igrejas foram decoradas pelos maiores artistas daquele tempo, vindos de Roma, Toscana e Úmbria. A igreja inferior tem afrescos de Cimabue e Giotto; na igreja superior está uma série de afrescos com cenas da vida de São Francisco, também atribuída a Giotto e seus seguidores. A Basílica é administrada pelos Frades Menores Conventuais (OFM Conv). Os Frades Franciscanos Conventuais são os guardiães dos restos mortais do Santo de Assis.

No dia 26 de setembro de 1997, Assis foi atingida por dois fortes terremotos que danificaram severamente a basílica (parte do teto dela ruiu durante o segundo tremor, destruindo um afresco de Cimabue), que passou dois anos fechada para restauração.

A Basílica inferior, que representaria a penitência, consiste em uma nave central com várias capelas laterais com arcos semicirculares. A nave é decorada com os afrescos mais antigos da igreja, criados por um artista chamado Mestre de São Francisco. Eles mostram cinco cenas da Paixão de Cristo à direita, e à esquerda, cenas da vida de São Francisco. Esses afrescos foram finalizados em 1260-1263. São considerados os melhores exemplos da pintura mural da Toscana, antes de Cimabue.

Como a popularidade da igreja aumentou, capelas laterais para famílias nobres foram adicionadas entre 1270 e 1350, destruindo os afrescos na paredes. A primeira capela à esquerda é decorada com dez afrescos de Simone Martini. Esses estão entre os maiores trabalhos de Martini e os melhores exemplos da pintura do século XIV.

A nave termina em uma abside semicircular ricamente decorada, precedida por um transepto. Os afrescos no transepto direito mostram a infância de Cristo, feitos parcialmente por Giotto e seus aprendizes e a Natividade pelo anônimo Mestre di San Nicola. O nível inferior mostra três afrescos representando São Francisco ajudando duas crianças. Esses afrescos de Giotto foram revolucionários para a época, pois mostravam pessoas reais com emoções em uma paisagem realista.

Na parede do transepto, Cimabue pintou uma de suas obras mais famosas: Nossa Senhora com São Francisco, Anjos e Santos (1280). Esse é provavelmente o retrato mais assemelhado a São Francisco. A pintura estática em estilo gótico contrasta com as pinturas dinâmicas de Giotto. O transepto esquerdo foi decorado pelo pintor Pietro Lorenzetti e seus aprendizes entre 1315 e 1330. Os afrescos mostram seis cenas da Paixão de Cristo, sendo a mais impressionante a Descida da Cruz, onde se percebe a sombra em uma pintura pela primeira vez desde a Antiguidade.

Cripta com túmulo de São Francisco de Assis

Pela nave se pode descer para a cripta através de uma escadaria dupla. Esse local, que guarda o túmulo de Francisco foi descoberto em 1818.

O túmulo tinha sido escondido por Frei Elia para evitar que suas relíquias se espalhassem pela Europa medieval. Por ordem do Papa Pio IX, uma cripta foi construída embaixo da Basílica inferior. Foi projetada por Pasquale Belli com mármore fino em estilo neoclássico, mas foi redesenhada em pedra crua em estilo neo-Românico por Ugo Tarchi entre 1925 e 1932.

Ao lado da Basílica, fica o Sacro Convento, que se assemelha a uma fortaleza e que já era habitado em 1230. O Convento agora abriga uma vasta biblioteca (com obras medievais), um museu com obras de arte doadas por peregrinos pelos séculos e também 57 obras (principalmente das Escolas Florentina e Sienesa) da Coleção Perkins.

Nave da Basílica superior

A entrada da Basílica superior (que representa a glória) é pela arcada do convento dos frades. O estilo dessa área é completamente diferente da Basílica inferior. Grandes janelas de vidro colorido banham com luz as obras de Giotto e Cimabue.

A parte final ao oeste do transepto e a abside foram decoradas com vários afrescos de Cimabue e seus aprendizes (1280). Infelizmente, devido ao material usado na obra, os afrescos logo sofreram os efeitos da umidade. Estão hoje muito deteriorados e foram quase reduzidos a meros negativos fotográficos.

A parte superior, em ambos os lados da nave, muito danificada pelos terremotos de 1997, foi decorada em duas filas com um total de 32 cenas do Velho Testamento e do Novo Testamento. Como levava cerca de seis meses para que se pintasse apenas uma parte da nave, diferentes artistas romanos e toscanos, seguidores de Cimabue, trabalharam na obra, tais como Giacomo, Jacopo Torriti e Pietro Cavallini.

Mas a obra mais importante da Basílica é, sem dúvida, a série de 28 afrescos atribuídos a um jovem Giotto na parte baixa da nave. Giotto usou a Legenda Maior, a biografia de Francisco para reconstruir os maiores eventos da vida do santo. As pinturas são vívidas, como se Giotto tivesse sido uma testemunha ocular da história. Os afrescos foram executados entre 1296 e 1304. Contudo, a autoria da obra ainda é debatida. Alguns críticos acreditam que a série tenha sido feita por um grupo de artistas inspirados em Giotto.