Ao sopé do morro do Carmo achava-se a Lagoa de Santo Antônio (hoje desde o atual hotel Avenida até o Theatro Municipal) e, à beira dela, uma ermida do mesmo santo. Daí veio chamar-se Santo Antônio também o morro depois que os franciscanos entraram na sua posse.
Em 1592 chegaram os primeiros frades ao Rio de Janeiro e se instalaram na Ermida de Santa Luzia. Pouco tempo depois, mudaram-se para o chamado Morro de Santo Antônio, por causa de uma pequena capela dedicada a este santo. A pedra fundamental foi colocada no dia 4 de junho de 1608.
A construção fez rápidos progressos e, em 7 de fevereiro de 1615, a comunidade se instalou no novo convento. A igreja foi acabada em 8 de dezembro de 1616, quando se pôde celebrar missa ali. Os frades também construíram um muro desde o cruzeiro da ladeira até a igreja.
Ordem Terceira No seu tempo, a 20 de março de 1619, teve início no convento a terceira instituição do Seráfico Patriarca, a Venerável Ordem da Penitência para seculares. Nesse dia fizeram profissão dois noviços. Em breve espaço associaram-se a outros, de modo que no mesmo ano iniciaram a construção de sua capela particular em terreno
Centro de Estudos O ano de 1650 constituirá para sempre um marco na história do Convento, ao abrir o primeiro curso de artes ou filosofia e teologia. Desde então, até o declínio da Província, o Convento foi um recinto sagrado das ciências divinas e humanas.
As festas principais de que se tem notícia eram as de Santo Antônio, São Francisco de Assis, Porciúncula e N. Sra. Conceição. A igreja vestia-se de gala com cortinas e colchas; a ladeira amanhecia festivamente ornada e à noite iluminada. Nas janelas da igreja e do convento pendiam lanternas com velas de carnaúba ou cera.
A primeira invasão francesa, em 19/9/1710, foi vitoriosamente rebatida. Na defesa da cidade tomaram parte também alguns clérigos, entre os quais dois frades. Santo Antônio presidiu ao combate na qualidade de general, o que lhe valeu a patente de capitão da Infantaria. A invasão de 1711 foi um desastre para a cidade e o convento
Em 1750, tomou-se a iniciativa de construir um novo convento. O refeitório no pavimento térreo é desta época, com 25,15m de comprimento por 6,26m de largura, com ante-sala da mesma largura e 11m de comprimento, em que hoje está instalada a cozinha, e se chamava “De Profundis”, por ser local para rezar antes das refeições.
Obra de maior vulto é a sala da biblioteca. Mede ela 18,50m de comprimento por 7,15m de largura. Os livros mais antigos são um volume do poeta grego Píndaro, de 1542 e um Novo Testamento em latim de 1547. No seu tempo, a biblioteca rivalizava com as melhores da cidade.
Os franciscanos aderiram com entusiasmo à Independência. Frei Sampaio escreveu o manifesto que exprimia a vontade do povo de D. Pedro permanecer no Brasil. O dia 9 de janeiro passou para história como o Dia do Fico. Os restos mortais de dona Leopoldina está no Mausoléu que o Convento construiu numa de suas dependências.
Quem pela primeira vez visitar o Convento Santo Antônio e as duas dependências ficará surpreendido com a suntuosidade da sacristia. Se Manuel de Macedo, que escreveu em 1860~, pôde afirmar que a do Convento Santo Antônio era a mais bela da cidade, sem exagero podemos dizer isso ainda hoje.
A bela e expressiva imagem do “Ecce Homo”, do Senhor Bom Jesus ou Senhor da Cana Verde, uma das mais antigas relíquias históricas que o Convento Santo Antônio possui, mandou-a vir de Portugal o Provincial Frei Eusébio da Expectação, pelo ano de 1678.