A presença franciscana na Terra Santa remota ao próprio fundador da Ordem, São Francisco de Assis. O Santo ali teria aportado no ano de 1220, após ter se encontrado com o Sultão Malik AL Kamel, no Egito. Ele recebeu do sultão um “salvo conduto” para si e para os seus frades, para que pudessem visitar
No século XVI, o santuário era guardado pelos monges armênios que pouco depois se retiraram. Os franciscanos adquiriram o lugar no ano de 1679. Os escavos (padre Bellarmino Bagatti, 1937) conduzidos em vista da construção do novo santuário (Arq. A. Barluzzi, 1939-40) encontraram restos de antigas construções comemorativas: a igreja superior e a cripta.
A aldeia árabe Beit-Sahur, localizada nos campos de Booz, citados no livro de Rut (Rt 3,5), foi identificada pela tradição como o Campo dos Pastores, a saber, o lugar onde aconteceu o anúncio do nascimento de Jesus aos pastores pelos anjos. Os franciscanos transformaram estas grutas em pequenas capelas, muito características.
Os franciscanos, a três séculos presentes em Caná em uma pequena propriedade, foram capazes de resgatar o santuário ano ano de 1879 por obra do padre Egidio Geisser, o fundador da paróquia católica local de rito latino (cerca de 100 famílias). Uma pequena igreja foi construída no ano de 1880 e sucessivamente aumentada no decorrer
A memória de Dominus Flevit, aparece pela primeira vez entre fins do século XIII e princípios do século XIV e pode ser considerada como descendente da antiga memória cristã. Desde o século XVI em diante a referência passa a ser uma mesquita chamada al_mansuriyeh (reconstruída recentemente), situada sobre o lado setentrional da propriedade franciscana.
A tradição que os franciscanos recolheram e seguiram atribui a este santuário a memória da manifestação do Senhor Ressuscitado aos dois discípulos de Emáus, Cléofas e Simão. Sobre o lugar onde Jesus se manifestou a eles, o Evangelho o qualifica como vila e dá a distância de Jerusalém como sendo de 60 estádios.
A tradição cristã coloca aqui dois momentos da paixão de Jesus: a flagelação e a condenação a morte. Os dois santuários são anexados ao convento franciscano, sede do Studium Biblicum Franciscanum. No piso da igreja (condenação), estão conservados algumas pedras do “Litóstrotos”. A imposição da cruz é indicada sobre a parede externa do santuário.
Escavações arqueológicas começaram desde o fim dos anos Oitocentos. Em 1921-24, os Franciscanos construíram a atual basílica, de estilo sírio-romano: obra prima do Arquiteto Antônio Barluzzi, que depois trabalhou por outros decênios em benefício dos Frades. A área da basílica compreende o terreno venerado desde a época bizantina.
Durante as cruzadas, a Igreja Bizantina foi destruída e reconstruída após o ano de 1102. Em 1260, nova destruição. Os franciscanos, durante os três séculos seguintes, tomaram conta do que havia restado da igreja. Em alguns momentos, foram expulsos, mas a comunidade cristã local zelou pelo local. Em 1630, os franciscanos voltaram a Nazaré.
Os Frades Menores habitaram no convento do Cenáculo sobre o Monte Sião desde o século XIV até o século XVI, quando foram expulsos pelos Otomanos. Sobre o Monte Sião retornaram em 1936, em habitações adquiridas de palestinos e adaptadas para a Fraternidade. É o Convento S. Francisco Ad Coenaculum, chamado de “Pequeno Cenáculo”.
No centro da vila, uma igreja franciscana recorda a casa de Marta e Maria e o milagre da revivificação de Lázaro; essa igreja ocupa o lugar de três igrejas anteriores, cujos restos foram trazidos à luz pelas escavações dirigidas, nos inícios dos anos cinquenta, por Padre Saller, OFM.
A igreja cruzada foi restaurada em 1621 pelo então Custódio da Terra Santa, o padre Thomas Obicini de Novara, mas só foi aberta ao culto em 1675. O atual edifício, projetado por Barluzzi é do 1939. O nascimento de João Batista, Precursor do Senhor, é localizado no vilarejo de Ain Karem, nas proximidades de Jerusalém.
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