A presença franciscana na Terra Santa coloca-se a serviço dos cristãos de rito latino, por isso os Frades da Custódia colaboram na obra pastoral com diversas iniciativas. Os frades da Custódia são, desde longa data, os únicos a se ocupar dos pequenos grupos de cristãos na Terra Santa, criando paróquias e estruturas organizativas para estas comunidades.
Os Frades franciscanos ocupam-se, além disso, na organização do encontro anual dos jovens: A Marcha Franciscana. Entre as várias formas de atividade pastoral, que a Custódia realiza na Terra Santa, ocupa parte não indiferente a assistência espiritual (missas, confissões, retiros, etc) para as comunidades religiosas ocupadas em projetos e missões no território.
Espiritualidade no Getsêmani
Entre os Lugares Santos em que se pode viver experiências de retiro espiritual é o Eremitério do Getsêmani.
A vida e o estilo que os Frades Menores oferecem no Eremitério estão centralizados na Oração, Adoração e Escuta da Palavra de Deus, a Lectio divina e Liturgia. Nesse jardim místico, no qual Deus caminhou com a pessoa humana, no respeito às diferentes sensibilidades e exigências, propõe prevalentemente a oração pessoal e se pede aos hóspedes de partilhar alguns momentos de oração e um serviço comunitário.
No Santuário do Getsêmani celebra-se, além disso, a Hora Santa, uma hora de meditação sobre a Agonia de Jesus. Recordando o suor de sangue de Jesus, que caiu naquela noite sobre a rocha, o sacerdote espalha pétalas de rosas rubras na rocha nua diante do altar. Cada ano, ao anoitecer da Quinta-Feira Santa, a comunidade franciscana se reúne, juntamente com os fiéis locais, para a celebração da Hora Santa. Semelhante cerimônia acontece em cada primeiro de julho, por ocasião da Festa do Preciosíssimo Sangue de Nosso Senhor Jesus Cristo e em cada primeira quinta-feira de cada mês, às 16h (horário local).
Ecumenismo e diálogo interreligioso
Na força do espírito franciscano que os anima, os Frades da Custódia da Terra Santa contribuem, desde sempre, em levar avante os caminhos do diálogo com as outras confissões cristãs na Terra Santa.
Em primeiro lugar, os Frades franciscanos, na Terra Santa, condividem os espaços de oração nos Lugares Santos com os representantes de outras Igrejas, como na Basílica do Santo Sepulcro. As diversas comunidades religiosas são chamadas, por isso, diariamente a interagir relações colaborativas.
Em segundo lugar, cada ano, por ocasião das Festividades religiosas de Natal e Páscoa, os principais representantes das confissões cristãs na Terra Santa se encontram para trocar saudações, fazendo visitas às respectivas sedes dos Patriarcados. Participam, nesses momentos, os Franciscanos da Custódia da Terra Santa, o Patriarca Latino de Jerusalém e os chefes locais da Igreja Grego-Ortodoxa, Armena, Copta, Síria, Etíope.
Fundamental momento de ecumenismo, durante o ano, é semana de oração pela unidade dos cristãos, que se realiza em janeiro. Durante essa semana especial, em Jerusalém, cada dia, os fiéis se dirigem a uma igreja diferente entre as de confissão cristã na Terra Santa e, segundo o calendário específico, são os representantes dos vários ritos que conduzem a oração pela unidade.
Os Franciscanos da Terra Santa dedicam-se também ao diálogo com as outras religiões presentes na Terra Santa, necessário por causa da especial situação da região: os cristãos são apenas 2% da população de comunidade muçulmana e hebraica.
O diálogo com a sociedade israelense e palestina é levado avante através de iniciativas culturais e conferências interreligiosas, além da abertura dos próprios conventos durante períodos especiais.
Nas instituições escolares da Custódia, além disso, os Frades e as religiosas reforçam as positivas relações com famílias de outros credos, que trazem suas crianças às escolas cristãs, por causa da alta qualidade do ensino nessas escolas, onde se educa para valores humanos de respeito e de paz.