Escavações arqueológicas começaram desde o fim dos anos Oitocentos. Em 1921-24, os Franciscanos construíram a atual basílica, de estilo sírio-romano: obra prima do Arquiteto Antônio Barluzzi, que depois trabalhou por outros decênios em benefício dos Frades. A área da basílica compreende o terreno venerado desde a época bizantina.