No século XVI, o santuário era guardado pelos monges armênios que pouco depois se retiraram. Os franciscanos adquiriram o lugar no ano de 1679. Os escavos (padre Bellarmino Bagatti, 1937) conduzidos em vista da construção do novo santuário (Arq. A. Barluzzi, 1939-40) encontraram restos de antigas construções comemorativas: a igreja superior e a cripta.